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手机短信桌面上消失了可能有多种原因，以下是一些可能的解决方法。
1、检查是否被隐藏或停用：查看应用程序列表或设置，确认短信应用是否被隐藏或停用，如果是的话，可以将其恢复到桌面或重新启用。
2、检查是否误删：查看手机最近删除的应用列表，确认短信应用是否被误删，如果是的话，可以尝试从备份中恢复或从应用商店重新下载并安装。
3、检查短信应用是否被卸载或更新：如果手机曾经被root过或者安装了某些第三方应用管理应用，可能会被误卸载或更新导致短信应用消失，可以尝试重新安装或恢复原有的短信应用版本。
4、检查桌面布局设置：如果手机桌面布局发生了变化，可能会导致某些应用图标被隐藏或移动到其他页面，可以在桌面设置中进行调整，或者手动查找短信应用的图标并拖动到桌面合适的位置。
5、检查系统问题：如果以上方法都没有解决问题，可能是系统出现了问题，可以尝试重启手机或者恢复出厂设置来解决，但需要注意的是，恢复出厂设置会清除手机上的所有数据，需要谨慎操作。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系手机厂商客服或专业的手机维修人员进行检查和修复，为了确保手机的安全和隐私，建议定期备份手机数据并谨慎下载和安装应用程序。